На Абеле люди и роботы давно живут бок о бок, и уже не разберёшь, кто из них кто. Аполло, андроид с человеческим лицом, и Микару, девчонка с повадками машины, случайно ловят безбилетника на грузовом судне. У того при себе чип с новой операционкой Cipher, которая умеет прятать что угодно и кого угодно. Аполло хватает его просто от скуки. Зря.

Дальше с парнем творится странное: он выпадает из реальности, отвечает невпопад, а Микару не понимает, что с напарником и при чём тут вообще какой-то шифр. Копая глубже, они натыкаются на секрет, который тянется через прошлое, настоящее и будущее Абеля. И чем ближе разгадка, тем яснее, что загадка Cipher касается их самих.

Кто же на самом деле запустил эту программу и зачем ей понадобились именно эти двое?